基因组测序>
建库测序>
人类基因组测序>
动植物基因组测序>
微生物基因组测序>
转录调控测序>
表观组测序>
单细胞测序>
空间转录组>
基因分型>
质谱分析>
蛋白组学分析>
代谢组学分析>
免疫定量>
多组学联合分析>
分子育种>
动植物基因组测序>
WGBS—全面准确分析基因组甲基化
全基因组DNA甲基化测序(Whole Genome BisulfiteSequencing,WGBS)是将重亚硫酸盐处理方法和高通量测序平台相结合,对有参考基因组的物种在全基因组水平进行甲基化研究。准确:
WGBS可以达到单碱基分辨率,准确分析每一个胞嘧啶的甲基化状态,从而构建精细的全基因组DNA甲基化图谱。高效:
全面分析不同处理对全基因组甲基化水平的影响,快速准确地找到差异甲基化区域。应用方向
胚胎发育
人、小鼠、斑马鱼等胚胎细胞发育研究。癌症疾病
肿瘤、精神疾病、代谢病、心血管病、免疫病等研究。动物行为
动物觅食、攻击、繁殖、通讯等行为研究。植物研究
植物胁迫、生长发育、开花、遗传育种等研究。尊龙凯时优势
1.样本起始量低
建库仅需DNA0.1-0.2ug2. 周期快、质量好,稳定性高
尊龙凯时WGBS采用先进的平台测序,并与高性能计算平台(High PerformanceComputing,HPC)结合,实现快速、稳定的测序数据分析及交付。<20
样本量38天
周期PE150
测序读长≥85%
测序质量Q3020,280个
物理核数1,727T flops
计算峰值速度400TB
总内存58.6PB
总储存3.方案设计专业,质控严格
尊龙凯时WGBS建库加入阴性对照λDNA,要求重亚硫酸盐转化效率99%以上,并采用主流软件bismark 进行分析...从材料选取,建库测序,到数据分析,每一步都经过科学、缜密 的设计,以保障高质量研究成果。材料选取
DNA样本>400 ng
文库构建甲基化文库
PE150测序
信息分析
4. 项目文章以及物种经验丰富
尊龙凯时已经成功完成对猪,大豆,食蟹猴,小鼠,扬子鳄,牛,涡虫,牡蛎、拟南芥,水稻,杨树,白菜等近百个物种进行全基因组甲基化测序分析,助力客户在Genome Biology、Nucleic Acids Research、Nature Plants等权威杂志发表多篇高水平文章。80人
分析团队7年
项目经验1000+
结题项目1对1
项目服务信息分析
尊龙凯时WGBS基于全基因组水平,实现单碱基分辨率的甲基化位点准确定位,快速准确找到差异位点,实现高效分析DMR及相关基因的功能分析。WGBS | 分析内容 | 解决问题 |
---|---|---|
标准分析 | 测序数据质量评估 | 过滤低质量数据,保证数据质量 |
与参考基因组比对 | 比对率和覆盖度分析 | |
甲基化位点 calling | 分析甲基化位点 | |
甲基化分布 | 甲基化在基因组,染色体,功能与元件上的分布 | |
差异甲基化分析 | 寻找 DMR | |
相关基因分析 | 相关基因GO,KEGG 富集分析 | |
多样本分析 | PCA 分析多样本甲基化变化规律 |
关联分析
尊龙凯时WGBS基于全基因组水平,实现单碱基分辨率的甲基化位点准确定位,快速准确找到差异位点,实现高效分析DMR及相关基因的功能分析。WGBS | 分析内容 |
---|---|
DNA甲基化与mRNA关联分析 | 1.整体上的关联,主要从染色体层面基因甲基化水平与表达水平分布,基因上下游层面甲基化水平与表达水平分布两个方面来展示DNA甲基化修饰与基因表达的关系 |
2.DMR相关基因表达与甲基化修饰,以甲基化分析得到的DMR相关基因为主体,以不同形式展示其表达与甲基化修饰的关系 | |
3.DMR相关基因与差异基因联合分析,将DMR相关基因与转录组分析得到的差异基因取交集,以不同的形式展示交集基因的甲基化水平和表达量及其注释信息 | |
4.DMR相关基因与差异基因功能分析,主要是基于基因集合间求交集并进行GO和KEGG富集分析 |
送样建议
组织类型 | 送样建议 |
---|---|
新鲜动物组织 |
>100 mg |
新鲜植物组织 |
>200 mg |
新鲜培养细胞数量 |
10^6个 |
动物血(哺乳类) |
>2 mL |
动物血(红细胞有核类) |
>1 mL |
常见问题
1. 哪些物种可以研究WGBS?
2. 全基因组甲基化测序有哪些优势?
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